Chouji bersama Shikamaru dan Ino memasuki babak kedua tes. Di hutan mereka mencari lawan terlemah dan menghindari musuh-musuh yang berbahaya. Tetapi mereka malah menemui Neji, dan Choji berkata apakah ia dapat meminta tandatangannya.

Tim Shikamaru akhirnya lolos ke babak ketiga. Choji berhadapan dengan ninja Oto. Sayangnya dia kalah walaupun sudah berubah menjadi bola daging. Di pertarungan Shikamaru dan Temari, Choji benar-benar gelisah sampai memakan snacknya dengan brutal. Tapi dia lega setelah Shikamaru menyerah karena dia tahu Shikamaru itu seperti itu,dia pemalas namun ber IQ di atas rata2 orang biasa.

Chouji yang sedang menganggur mendapat tawaran dari Shikamaru yang mendapatkan misi dari Tsunade untuk mengejar Sasuke. Mereka (Kiba dan akamaru anjing kesayangan nya, Neji, Shikamaru, Naruto, dan Chouji) lalu mengejar rombongan ninja Oto. Ditengah perjalanan, mereka dihadang oleh ninja-nija tersebut. Chouji melawan Jiroubou. Jiroubou memiliki kekuatan yang sangat mengerikan. Chouji mengeluarkan pil pertamanya (pil biru[manga]; pil hijau [anime] yang disebut pil teratai), Jirobou terdesak. Tetapi setelah Jirobou menggunakan Joutai 2 miliknya, Chouji kewalahan dan hampir kalah. Chouji lalu memakan pil prajurit ke-3, yang efeknya sangat memberatkan tubuh karena membakar kalori untuk menjadikannya chakra.

Chakra Chouji lalu membentuk kupu-kupu raksasa, lalu chakra itu disalurkan ke tangan kanannya. Jiroubou dengan satu tangan berhasil dilampaui kekuatan totalnya. Dia lalu menghajar habis-habisan Jirobou. Choji benar-benar marah karena Jiroubou menghabiskan snack terakhirnya dan menghina sahabat terbaiknya Shikamaru dengan pukulannya yang penuh cakra chouji membunuh jiroubou dengan satu kali pukulannya.

Choji muncul sebentar di bagian pencarian Sasuke.

Tim Shikamaru, Asuma, Izumo dan Kotetsu berangkat mengejar Hidan dan Kakuzu. Mereka bertemu di sebuah kota kecil dan langsung bertarung. Asuma gugur dalam pertarungan ini. Choji dan Ino sedikit terlambat untuk menyembuhkan luka Asuma yang sudah sangat parah.

Shikamaru lalu meminta Hokage untuk mengizinkannya mengejar dan membunuh Hidan dan Kakuzu. Tsunade menolaknya, tetapi Kakashi datang dan menawarkan bantuan pada mereka. Karena ada Kakashi, maka Tsunade bisa melepas mereka dan meminta Shikamaru untuk mengulur waktu bila bertemu untuk menunggu tim bantuan yang akan tiba. Mereka lalu bertemu di hutan. Choji kali ini tidak terlalu besar. tetapi dia berhasil melindungi Kakashi dari serangan Kakuzu dan menyerangnya dengan Baika no Jutsu. TimYamato datang di akhir pertempuran dan menghabisi Kakuzu saat itu juga.naruto dengan rasengan shuriken membunuh kakuzu.